空間轉(zhuǎn)錄組研究將對(duì)基因測(cè)序領(lǐng)域帶來(lái)的三大影響及作用

2016年，來(lái)自瑞典卡羅琳斯卡研究所、瑞典皇家理工學(xué)院等研究機(jī)構(gòu)的學(xué)者們?cè)凇禨cience》上發(fā)文，闡述了一種新的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究技術(shù)，并提出了“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”的概念。雖然他們并不是第一個(gè)嘗試將轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與空間位置之間實(shí)現(xiàn)一一對(duì)應(yīng)的團(tuán)隊(duì)，但是他們給出的解決方案確實(shí)是最完善，最接近商業(yè)化的。

這項(xiàng)技術(shù)當(dāng)時(shí)并沒(méi)有造成巨大的轟動(dòng)，但總有會(huì)慧眼識(shí)英的企業(yè)，比如10x Genomics。2018年底10x Genomics將這項(xiàng)技術(shù)收入囊中，并在一年的完善和優(yōu)化后將其推向市場(chǎng)。

如今的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)像極了當(dāng)年的單細(xì)胞測(cè)序，雖然還處在科研階段，但是已經(jīng)可以展望到其未來(lái)的發(fā)展空間。我們現(xiàn)在已經(jīng)看到了單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)逐漸從完成概念驗(yàn)證進(jìn)入臨床場(chǎng)景，而空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)很有可能會(huì)成為單細(xì)胞測(cè)序之后，又一個(gè)閃閃發(fā)光的測(cè)序技術(shù)外延領(lǐng)域。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有什么作用？

通常進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序過(guò)程，是將一群細(xì)胞的RNA提取建庫(kù)進(jìn)行測(cè)序。這種方法在細(xì)胞成分單一的情況下有比較高的指導(dǎo)意義，但是當(dāng)細(xì)胞成分復(fù)雜，比如檢測(cè)組織樣本時(shí)，RNA建庫(kù)的過(guò)程導(dǎo)致所有細(xì)胞的RNA被混在一起檢測(cè)，互相干擾，最終的檢測(cè)結(jié)果只能輸出整個(gè)細(xì)胞群的平均值，數(shù)據(jù)的精細(xì)度大幅降低。與此同時(shí)，細(xì)胞的定位信息也在建庫(kù)的過(guò)程中丟失，而實(shí)際上，位置背景對(duì)于了解組織功能和病歷變化至關(guān)重要。

隨后出現(xiàn)的單細(xì)胞測(cè)序一定程度上解決了互相干擾的問(wèn)題。不同類(lèi)型的細(xì)胞可以被單獨(dú)篩選，然后各自建庫(kù)，進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序。但是篩選過(guò)程需要將細(xì)胞打散，所以位置信息還是無(wú)法被完整保留。

芯片上的捕獲引物結(jié)構(gòu)

Spatial的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序原理

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的關(guān)鍵就在于，解決了空間位置保留的問(wèn)題。

被放置在芯片區(qū)域內(nèi)的冰凍組織切片在經(jīng)過(guò)H＆E染色和成像記錄后，會(huì)被進(jìn)行透化處理，釋放細(xì)胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設(shè)置了帶有獨(dú)特標(biāo)識(shí)的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個(gè)不同的捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個(gè)區(qū)域?qū)?yīng)的組織位置會(huì)被記錄下來(lái)，然后再進(jìn)行測(cè)序后，通過(guò)條形碼將不同區(qū)域的測(cè)序結(jié)果，映射到對(duì)應(yīng)的組織位置上，最終拼貼形成組織樣品的空間轉(zhuǎn)錄組圖像。

相比于常規(guī)的測(cè)序手段，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序有幾個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì)：

1．將轉(zhuǎn)錄組信息與空間信息對(duì)應(yīng)，體現(xiàn)組織內(nèi)部的異質(zhì)性：每個(gè)區(qū)域獨(dú)特的條形碼使測(cè)序結(jié)果與空間位置形成一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。雖然暫時(shí)還無(wú)法精細(xì)到單細(xì)胞層面，但是這樣的區(qū)域劃分也已經(jīng)足以展現(xiàn)出組織內(nèi)部不同區(qū)域間的轉(zhuǎn)錄組差異。

2．不影響對(duì)全組織進(jìn)行全面分析：芯片上捕獲的全轉(zhuǎn)錄組在同一個(gè)反應(yīng)中完成測(cè)序，能有效降低多次重復(fù)實(shí)驗(yàn)中的誤差。測(cè)序結(jié)果如果不按照條形碼歸類(lèi)，則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉(zhuǎn)錄組情況，無(wú)需再做單獨(dú)檢測(cè)。

3．為進(jìn)一步的研究提供指導(dǎo)意見(jiàn)：常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，對(duì)后續(xù)實(shí)驗(yàn)的指導(dǎo)仍然停留在全組織層面。而空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序則可以標(biāo)識(shí)出更有價(jià)值的研究區(qū)域，引導(dǎo)研究者將組織進(jìn)一步細(xì)分。

10x Genomics入局，強(qiáng)勢(shì)收購(gòu)

完成了空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的基礎(chǔ)研究之后，研究者們迅速創(chuàng)立了一家企業(yè)，開(kāi)始嘗試將這一技術(shù)量產(chǎn)化。這家企業(yè)的名字定名為Spatial Transcriptomics，也就是空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)，可謂是非常簡(jiǎn)單粗暴了。

這家公司成立之后非常低調(diào)，直到被10x Genomics收購(gòu)，沒(méi)有進(jìn)行過(guò)企業(yè)的宣傳，也沒(méi)有任何融資經(jīng)歷，創(chuàng)始人、發(fā)展情況，都一概不知。因此在分析行業(yè)之余，也不得不承認(rèn)10x Genomics的挖掘能力，能夠從眾多Biotech企業(yè)中挖掘出Spatial這支來(lái)自瑞典的潛力股。

2018年12月，10x Genomics公司宣布，已收購(gòu)位于瑞典的空間基因組學(xué)技術(shù)開(kāi)發(fā)商Spatial Transcriptomics。此時(shí)代表Spatial Transcriptomics發(fā)言的聯(lián)合創(chuàng)始人Joakim Lundeberg，正是那篇發(fā)表在《Science》的文章的通訊作者之一。對(duì)于本次收購(gòu)，10x Genomics和Spatial雙方都認(rèn)為，Spatial提供的技術(shù)基礎(chǔ)揭示了細(xì)胞間的互相作用，幫助研究者們更加接近生物學(xué)的全貌。

Visium平臺(tái)示例

被10x Genomics收購(gòu)之后，Spatial的技術(shù)平臺(tái)被更名為Visium，在10x Genomics內(nèi)部繼續(xù)孵化。最初，10x Genomics并未公布這次收購(gòu)的具體細(xì)節(jié)。直到2019年8月，10x Genomics遞交招股書(shū)，準(zhǔn)備在納斯達(dá)克上市，這一交易的部分細(xì)節(jié)才在招股書(shū)中公開(kāi)。

根據(jù)招股書(shū)中的信息，10x Genomics以3860萬(wàn)美元收購(gòu)了Spatial，并獲得了Spatial相關(guān)的一系列專(zhuān)利、商標(biāo)和客戶關(guān)系。其中僅專(zhuān)利的價(jià)值就達(dá)到了3690萬(wàn)美元，而其余的有形資產(chǎn)和無(wú)形資產(chǎn)總價(jià)值僅約166萬(wàn)美元。

產(chǎn)品已經(jīng)進(jìn)入商業(yè)化階段

到2019年12月，10x Genomics宣布收購(gòu)Spatial一年之際，Visium平臺(tái)正式推出，成為了第一款走入商業(yè)化進(jìn)程的空間轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)品。

在2020年初的AGBT（基因組技術(shù)和生物進(jìn)展）會(huì)議上，10x Genomics表示未來(lái)將進(jìn)一步提高Visium的兼容性，尤其是在測(cè)序的同時(shí)允許用戶在同一樣本上測(cè)定蛋白和基因表達(dá)，以及對(duì)于FFPE（福爾馬林固定石蠟包埋）樣品的兼容。這些新功能都將顯著提升Visium平臺(tái)的應(yīng)用范圍。

就在10x Genomics興奮的規(guī)劃自己的前路時(shí)，剛剛進(jìn)入市場(chǎng)兩個(gè)月的Visium受到了后來(lái)者的挑戰(zhàn)。就在本次AGBT大會(huì)上，ReadCoor也推出了自己的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)品RC2。

ReadCoor的技術(shù)基礎(chǔ)源于遺傳學(xué)泰斗George Church團(tuán)隊(duì)發(fā)明的FISSEQ原位測(cè)序方法。這一技術(shù)發(fā)明的時(shí)間更早，早在2014年George Church團(tuán)隊(duì)就在《Science》上發(fā)表了相關(guān)的文章，并隨后在《Nature Protocols》上公布了FISSEQ的詳細(xì)步驟。

以這一技術(shù)為基礎(chǔ)的ReadCoor，自然受到了一級(jí)市場(chǎng)的青睞。A輪融資就獲得了禮來(lái)亞洲、維梧資本、德誠(chéng)資本等知名投資機(jī)構(gòu)參與，融資額達(dá)到2300萬(wàn)美元。經(jīng)過(guò)幾年的潛心研發(fā)，ReadCoor在2020年的AGBT大會(huì)上正式推出了自己的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)RC2。在產(chǎn)品發(fā)布前夕還收獲了蘭亭投資領(lǐng)投的2700萬(wàn)美元B輪融資。

Readcoor的測(cè)序平臺(tái)RC2

ReadCoor使用的核心技術(shù)FISSEQ是一種熒光原位測(cè)序技術(shù)。RNA本身很小，直接對(duì)組織中的RNA進(jìn)行測(cè)序難度很高。因此FISSEQ在樣品制備的過(guò)程中會(huì)先將RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA，并接成環(huán)狀，然后使用特定的DNA聚合酶（如Φ29）進(jìn)行滾環(huán)擴(kuò)增（RCA），形成體積較大的擴(kuò)增子。所有形成的擴(kuò)增子會(huì)被相互交聯(lián)，以保證其空間位置不會(huì)在測(cè)序過(guò)程中發(fā)生移動(dòng)。這樣一來(lái)，在測(cè)序的每一個(gè)循環(huán)中對(duì)切片進(jìn)行掃描，就可以將擴(kuò)增子的序列信息與空間位置相結(jié)合，達(dá)到空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的目的。

相比于Vissium，RC2是個(gè)一站式的解決方案，真正將分辨率控制到單個(gè)細(xì)胞，并且除了RNA層面的轉(zhuǎn)錄組研究，其檢測(cè)的范圍還涵蓋蛋白質(zhì)和DNA，實(shí)現(xiàn)多組學(xué)同時(shí)檢測(cè)。但RC2的缺點(diǎn)也非常明顯，首先整套系統(tǒng)價(jià)格昂貴，一臺(tái)機(jī)器要40萬(wàn)美元，而且由于高精度的切片掃描需要大量的時(shí)間，因此這臺(tái)機(jī)器的通量非常小，單次分析短則一天，多則數(shù)日，并且最多同時(shí)分析四個(gè)樣本。這樣的通量規(guī)模勉強(qiáng)滿足科研需求，很難形成規(guī)?；漠a(chǎn)業(yè)。

如果拋開(kāi)可用性不談，RC2在檢測(cè)精度上明顯高于Vissium。盡管缺點(diǎn)也十分明顯的，由于這一技術(shù)還處于起步階段，RC2仍然毫無(wú)疑問(wèn)的成為了Vissium最大的潛在競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手。

更重要的是，RC2目前已經(jīng)可以支持FFPE樣品的檢測(cè)，但是10x Genomics的解決方案還僅支持冰凍切片。對(duì)于更廣泛的科研和臨床市場(chǎng)來(lái)說(shuō)，F(xiàn)FPE樣品的存量更大，應(yīng)用范圍也更廣，顯然代表著更大規(guī)模的市場(chǎng)。

在這一系列原因的推動(dòng)下，10x Genomics最終決定斥巨資將ReadCoor，這個(gè)最大的威脅轉(zhuǎn)化成伙伴。并且RC2與Vissium之間的技術(shù)路線有可能會(huì)形成互補(bǔ)，將二者的優(yōu)勢(shì)結(jié)合，形成一款檢測(cè)精度高，并且可用性強(qiáng)的產(chǎn)品。

鎖式探針

10x Genomics的競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手還不止ReadCoor一家。另一家公司Cartana也在做類(lèi)似的產(chǎn)品，使用的方法與Visium和RC2都有些關(guān)聯(lián)。Cartana使用特異性的鎖式探針在直鏈cDNA上實(shí)現(xiàn)了滾環(huán)擴(kuò)增。引物上的條形碼區(qū)域可以保證擴(kuò)增產(chǎn)物的空間定位準(zhǔn)確。但是這項(xiàng)技術(shù)目前還無(wú)法實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，只能根據(jù)研究方向設(shè)計(jì)專(zhuān)門(mén)的引物。但是這一方法仍然為Visium平臺(tái)的發(fā)展帶來(lái)了潛在的競(jìng)爭(zhēng)壓力，10x Genomics也迅速的捕捉到了這一點(diǎn)。

如今這兩個(gè)競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手已經(jīng)盡數(shù)被10x Genomics收入囊中。2020年10月5日，10x Genomics宣布，將以3．5億美元收購(gòu)空間多組學(xué)平臺(tái)ReadCoor，同時(shí)還表示自己已經(jīng)在8月以4500萬(wàn)美元收購(gòu)了RNA分析技術(shù)研發(fā)企業(yè)Cartana。接連兩項(xiàng)大額收購(gòu)，表明10x Genomics已經(jīng)下定決心，要在空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方面走的更遠(yuǎn)。

市場(chǎng)需求旺盛，同時(shí)也期待改進(jìn)

完成了對(duì)ReadCoor和Cartana的收購(gòu)后，10x Genomics在空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序市場(chǎng)上，幾乎已經(jīng)沒(méi)有了對(duì)手。如今Visium已經(jīng)投入市場(chǎng)近一年，國(guó)內(nèi)很多科研解決方案提供商都已經(jīng)上線了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究服務(wù)。

在科研服務(wù)市場(chǎng)上，貝瑞基因、諾禾致源、百邁客、伯豪生物等企業(yè)都相繼推出了自己的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)。從我們目前采集到的信息看，整體市場(chǎng)處于供不應(yīng)求的狀態(tài)。無(wú)論是好奇心驅(qū)動(dòng)，還是確實(shí)對(duì)研究有重大意義，科研市場(chǎng)對(duì)于這一新技術(shù)表現(xiàn)出了濃厚的興趣。

“其實(shí)從2019年初，科研市場(chǎng)就已經(jīng)開(kāi)始對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組這一技術(shù)進(jìn)行相關(guān)的宣傳了。大家都覺(jué)得這個(gè)技術(shù)是繼單細(xì)胞測(cè)序之后，基因測(cè)序領(lǐng)域的又一重大突破?！敝Z禾致源的空間轉(zhuǎn)錄組業(yè)務(wù)負(fù)責(zé)人劉國(guó)靜介紹到。

“主要的應(yīng)用層面還是在科研上，患者樣品、模式動(dòng)物樣品，現(xiàn)在還發(fā)展到植物的樣品，都可以做?！卑龠~客醫(yī)學(xué)業(yè)務(wù)單元總經(jīng)理劉敏告訴我們。

Visium主要解決的是轉(zhuǎn)錄組，也就是mRNA層面的問(wèn)題。上一級(jí)的基因組，和下一級(jí)的蛋白組，目前為止已經(jīng)有比較明確的解決方案了。細(xì)胞的基因組一般來(lái)說(shuō)區(qū)別不大，因此全基因組測(cè)序，或者外顯子組測(cè)序，已經(jīng)組以解決基因組層面的問(wèn)題，不必要考慮空間信息。而蛋白組層面，免疫組化可以實(shí)現(xiàn)蛋白組層面的檢測(cè)，但是檢測(cè)效率有限，一般一張切片只能檢測(cè)一個(gè)蛋白靶標(biāo)，而且檢測(cè)不同的蛋白需要用特異性的一抗。

由于轉(zhuǎn)錄組和蛋白表達(dá)之間的相關(guān)性，高通量的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以為進(jìn)一步的蛋白組檢測(cè)提供指導(dǎo)意見(jiàn)，幫助研究人員從大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中尋找更可能有價(jià)值的蛋白marker。

目前這一產(chǎn)品的定價(jià)還比較高，從我們調(diào)研的幾家信息來(lái)看，單個(gè)樣品的檢測(cè)價(jià)格在4－5萬(wàn)，包括了從樣品制備到最終數(shù)據(jù)分析的全流程。這一高價(jià)狀態(tài)與檢測(cè)儀器的成本、試劑耗材成本、還有復(fù)雜的樣品制備過(guò)程都有關(guān)系。但是隨著技術(shù)的革新和方法上的不斷改進(jìn)，相信這一技術(shù)最終會(huì)像NGS一樣，成為能夠廣泛應(yīng)用的產(chǎn)品類(lèi)型。

“從我們現(xiàn)在看來(lái)，這一產(chǎn)品的降價(jià)空間還是比較大的，未來(lái)的發(fā)展空間也很廣闊。Visium現(xiàn)在的功能還僅限于轉(zhuǎn)錄組，未來(lái)如果能擴(kuò)展到甲基化，或是其他一些影響基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的檢測(cè)靶標(biāo)上，平臺(tái)的價(jià)值會(huì)大幅提升?！眲⒚粽f(shuō)。

當(dāng)然在廣泛應(yīng)用之前，Visium也還有很多問(wèn)題需要克服。

“這個(gè)產(chǎn)品用在科研領(lǐng)域，技術(shù)上已經(jīng)相對(duì)成熟了，操作難度也不是太高。但是第一，分辨率還有待提升，比如如果能做到單細(xì)胞級(jí)別，甚至更高的分辨率，就能滿足更高層面上的需求；第二未來(lái)這個(gè)產(chǎn)品想要廣泛應(yīng)用，肯定不能只限于冰凍切片，F(xiàn)FPE樣品的檢測(cè)是一定要克服的。”劉國(guó)靜說(shuō)。

劉國(guó)靜談到的兩個(gè)問(wèn)題，10x Genomics已經(jīng)在著手解決了。FFPE樣品分析預(yù)計(jì)在2021年上半年推出。精度方面，Visium已經(jīng)在Spatial的技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)生了明顯的提升，從1000多個(gè)點(diǎn)上升到了4992個(gè)點(diǎn)，未來(lái)顯然還會(huì)繼續(xù)提升。

對(duì)于更深層次的臨床應(yīng)用，劉敏認(rèn)為不可操之過(guò)急：“從長(zhǎng)遠(yuǎn)的角度上看，在臨床上的應(yīng)用肯定是非常有前景的，但可能還需要很長(zhǎng)的時(shí)間。不止是因?yàn)榫群统杀痉矫孢€達(dá)不到進(jìn)入臨床的水平，更重要的是，臨床上現(xiàn)在對(duì)于轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)積累和研究認(rèn)知還不夠充分。所以價(jià)值肯定有，但是短期內(nèi)很難走到臨床層面?！?/p>

空間轉(zhuǎn)錄組研究將對(duì)基因測(cè)序領(lǐng)域帶來(lái)的三大影響

隨著二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展成熟，尤其是在成本大幅降低之后，二代測(cè)序近兩年隱隱有取代PCR、FISH等常規(guī)基因檢測(cè)技術(shù)的趨勢(shì)。比如在今年的新冠肺炎檢測(cè)是試劑盒中，華大基因開(kāi)發(fā)的宏基因組測(cè)序檢測(cè)試劑盒是最早一批獲批上市的檢測(cè)產(chǎn)品之一。

但是另一方面，雖然測(cè)序技術(shù)已經(jīng)趨于完善，但其在臨床上的應(yīng)用場(chǎng)景挖掘卻還不夠深入。目前臨床上最直接的應(yīng)用場(chǎng)景就是腫瘤伴隨診斷和宏基因組檢測(cè)兩大方向，檢測(cè)目標(biāo)主要圍繞著基因組展開(kāi)，小到幾個(gè)基因的panel，大到全外顯子檢測(cè)。但這些畢竟只是基因組層面的信息，需要經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)錄－翻譯的過(guò)程，才能最終體現(xiàn)在腫瘤的表型上。而在轉(zhuǎn)錄－翻譯的過(guò)程中，復(fù)雜的調(diào)控機(jī)制帶來(lái)的腫瘤異質(zhì)性，基因組測(cè)序更加無(wú)從得知。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的出現(xiàn)為基因測(cè)序領(lǐng)域帶來(lái)了新的機(jī)會(huì)。無(wú)論是對(duì)于上游的測(cè)序儀行業(yè)，還是未來(lái)為應(yīng)用層帶來(lái)的可能性，空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序都是個(gè)值得基因檢測(cè)行業(yè)重點(diǎn)考慮的新方向。

1

對(duì)于科研檢測(cè)行業(yè)：取代PCR－array成為新篩選方法

在科研行業(yè)中，針對(duì)轉(zhuǎn)錄組的大規(guī)模研究，研究方法主要以PCR－array為主。PCR－array本質(zhì)上是通過(guò)芯片實(shí)現(xiàn)的高通量Real－time PCR過(guò)程，根據(jù)研究者的需求，可以對(duì)要檢測(cè)的目標(biāo)基因進(jìn)行不同panel大小的定制。這種方法在體外培養(yǎng)的細(xì)胞樣品分析上，可以達(dá)到比較好的效果，但是當(dāng)上升到組織層面，PCR－array無(wú)法很好的區(qū)分組織的異質(zhì)性，只能實(shí)現(xiàn)混合物的統(tǒng)一分析。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以比PCR－array更好的滿足科研方面的需求。使用PCR－array的場(chǎng)景往往在于從大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中挖掘潛在的可能性。相比于研究體外樣品，組織樣品更加貼近機(jī)體的自然裝填，顯然具有比體外樣品更高的價(jià)值。而且空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序還能從空間維度區(qū)分組織內(nèi)部的異質(zhì)性，為研究者提供更深度的研究?jī)r(jià)值。

2

對(duì)于測(cè)序儀行業(yè)：攜手落地的新風(fēng)向

此前我們?cè)跍y(cè)序儀行業(yè)的分析中就談到過(guò)，目前Illumina在全球測(cè)序儀市場(chǎng)上已經(jīng)接近壟斷地位。未來(lái)國(guó)產(chǎn)測(cè)序儀如果想要突圍，與應(yīng)用層合作落地可能是最好的市場(chǎng)拓展選項(xiàng)之一。切到具體應(yīng)用場(chǎng)景的產(chǎn)品，往往本身并不附帶測(cè)序功能，比如單細(xì)胞測(cè)序、腫瘤伴隨診斷等。如果能與這些檢測(cè)產(chǎn)品合作落地，形成一整套完整的分析體系，就可以為使用者提供一整套完整的工作流程。

這一點(diǎn)對(duì)于空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)業(yè)也是一樣的。以Visium為例，Visium本身提供的主要是針對(duì)樣品的處理方案，包括組織優(yōu)化試劑盒和空間基因表達(dá)試劑盒。而后續(xù)的測(cè)序環(huán)節(jié)，則由用戶自己選擇。如果國(guó)產(chǎn)測(cè)序儀行業(yè)能夠針對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序進(jìn)行針對(duì)性的優(yōu)化，甚至直接整合成一整套自動(dòng)化的處理系統(tǒng)，可能有機(jī)會(huì)搶占這一部分市場(chǎng)份額。

3

對(duì)于醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)：新增兩個(gè)維度輔助Biomarker挖掘

雖然如今談及應(yīng)用層面還為時(shí)尚早，但是空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?yàn)榻M織內(nèi)細(xì)胞的細(xì)分亞型和空間分布給出了新的分析維度，可能會(huì)幫助臨床實(shí)現(xiàn)更好的患者分子分型。尤其對(duì)于Biomarker的挖掘方面，多組學(xué)分析中如果可以新增這兩個(gè)重要的維度，對(duì)于藥物有效群體的挖掘?qū)?lái)關(guān)鍵性的指導(dǎo)意義。

劉國(guó)靜告訴我們，他們已經(jīng)在實(shí)際的工作中接觸過(guò)一些藥企了：“有些藥企其實(shí)已經(jīng)向我們表達(dá)過(guò)了對(duì)這個(gè)新技術(shù)的興趣，但是具體的合作目前都還在洽談中。他們的訴求是希望能夠通過(guò)這項(xiàng)新技術(shù)提供的新維度，看能不能發(fā)現(xiàn)一些新的標(biāo)志物，新的功能細(xì)胞群體、新的細(xì)胞通訊方式等，能夠在研發(fā)環(huán)節(jié)上幫助到他們?！?/p>

新的技術(shù)總會(huì)帶來(lái)新的機(jī)會(huì)和新的市場(chǎng)。雖然空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序目前為止商業(yè)化才剛剛一年，但是我們已經(jīng)可以看到這項(xiàng)技術(shù)未來(lái)在臨床上應(yīng)用的價(jià)值。經(jīng)過(guò)先后幾次收購(gòu)，10x Genomics暫時(shí)實(shí)現(xiàn)了對(duì)這一領(lǐng)域的全面掌控，當(dāng)然我們也希望這一次國(guó)內(nèi)的技術(shù)平臺(tái)能夠更快速的跟進(jìn)項(xiàng)目，實(shí)現(xiàn)這一領(lǐng)域的全面突破。

責(zé)任編輯：PSY