用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和臨床研究的綜合NGS軟件

用于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和臨床研究的綜合NGS軟件

LasergeneGenomics 在基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域獨樹一幟。該軟件由我們革命性且易于使用的組裝程序 SeqManNGen 提供支持，使您能夠在短短幾分鐘內(nèi)設(shè)置復(fù)雜的基因組測序項目，并自動執(zhí)行通常需要在其他軟件包中進(jìn)行大量手動干預(yù)的任務(wù)。

直觀的項目設(shè)置和分析，與我們獲得專利的組裝算法相結(jié)合，使您能夠以無與倫比的輕松和速度組裝和對齊NGS數(shù)據(jù)，以便您可以專注于結(jié)果。不再需要在軟件工具之間切換來組裝序列、識別重要變異并確定差異表達(dá)基因。你需要的一切都在這里。

LasergeneGenomics工作流程

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析

使用LasergeneGenomics 輕松組裝ChIP-Seq數(shù)據(jù)并執(zhí)行峰檢測，讓您更快地進(jìn)行全面的ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析。

ChIP-Seq數(shù)據(jù)分析通常是一個繁瑣的過程，需要繁瑣的項目設(shè)置和耗時且復(fù)雜的數(shù)據(jù)操作。LasergeneGenomics 提供易于使用的向?qū)?，可在幾分鐘?nèi)指導(dǎo)您完成項目設(shè)置，讓您可以快速輕松地設(shè)置ChIP-Seq分析項目。該軟件還包括多種不同的可定制選項，用于變異檢測、標(biāo)準(zhǔn)化和峰檢測。通過使用輸入模式或使用位置權(quán)重矩陣來識別結(jié)合位點，從轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫中選擇結(jié)合蛋白。在 ChIP-Seq數(shù)據(jù)組裝后，使用實時交互式視圖和全面的過濾工具輕松分析峰值附近的基因。利用基因本體論來識別具有特定生物學(xué)功能的基因之間的關(guān)系或確定基因在特定過程中的相對重要性。在 GenVisionPro 中可視化峰以解釋基因表達(dá)和調(diào)控，并創(chuàng)建高質(zhì)量、高度可定制的圖像以供發(fā)表。使用 LasergeneGenomics 中的ChIP-Seq分析工具更快地獲得全面的結(jié)果！

臨床研究

使用LasergeneGenomics 人類基因組分析自動化流程在幾分鐘內(nèi)建立您的臨床研究項目。

近年來，隨著對三重分析、腫瘤與正常配對比較和罕見變異研究等工作流程的需求不斷增長，臨床研究軟件變得越來越廣泛。然而，大多數(shù)用于人類基因組分析的商用軟件需要預(yù)先進(jìn)行大量工作來準(zhǔn)備組裝和最終分析的項目。LasergeneGenomics 在臨床研究軟件領(lǐng)域脫穎而出，部分原因在于SeqManNGen，這是我們革命性的向?qū)?，使您能夠在短短幾分鐘?nèi)設(shè)置整個基因組或外顯子組重測序項目。SeqManNGen 可自動執(zhí)行通常需要大量手動干預(yù)的任務(wù)，包括自動組織實驗和重復(fù)、內(nèi)置訪問人類和模型生物的多種基因組模板包、自動合并BED和VCF文件，以及自動檢測、注釋和分析變體。組裝后，LasergeneGenomics中提供的人類基因組分析工具可以立即開始廣泛的多樣本變異比較，識別具有統(tǒng)計學(xué)意義的變異，并探索與感興趣的變異交叉的相關(guān)基因。

從頭基因組組裝

使用LasergeneGenomics 輕松、準(zhǔn)確地從頭組裝基因組。

從頭基因組組裝是一種從大量DNA片段構(gòu)建基因組的方法，無需事先了解這些片段的正確序列或順序。這可能是一個非常困難的計算問題，并且由于序列量大、重復(fù)區(qū)域的存在以及所需的大量RAM，通常會出現(xiàn)速度和準(zhǔn)確性問題。

LasergeneGenomics 通過指導(dǎo)您采用各種方法來滿足您的需求，使您可以輕松地進(jìn)行從頭組裝。在我們革命性的基因組組裝軟件 SeqManNGen的支持下，用戶可以在短短幾分鐘內(nèi)設(shè)置復(fù)雜的測序項目，其任務(wù)自動化功能可以以無與倫比的輕松和速度促進(jìn)從頭序列組裝，即使在配備適度的計算機(jī)上也是如此。

除了傳統(tǒng)的從頭工作流程（通常對配對或配對末端數(shù)據(jù)最有用）外，LasergeneGenomics 還提供多種基因組整理工作流程，用于基因組草案的糾錯和細(xì)化。我們還提供多種工作流程（目前處于測試階段），用于從頭組裝和完善來自OxfordNanopore 和PacBio的長讀長測序數(shù)據(jù)，包括PacBioHifi 讀長。

無論您采用何種方法，LasergeneGenomics 都會創(chuàng)建最準(zhǔn)確、最完整的組裝體，并為您提供每個完全可編輯組裝體的詳細(xì)統(tǒng)計數(shù)據(jù)，以及出色的可視化和組裝后分析工具。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝

使用LasergeneGenomics 中的自動化流程簡化從頭轉(zhuǎn)錄組組裝。

從頭轉(zhuǎn)錄組組裝是非模型生物研究中的一項強(qiáng)大技術(shù)，但由于數(shù)據(jù)量巨大以及去除污染物、識別和注釋轉(zhuǎn)錄本以及使用組裝轉(zhuǎn)錄本時面臨的常見困難，轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析通常會帶來重大挑戰(zhàn)在下游分析中。LasergeneGenomics 的轉(zhuǎn)錄組組裝工具為所有這些問題提供了解決方案。我們獲得專利的聚類和組裝算法幾乎可以處理臺式計算機(jī)上任何大小的數(shù)據(jù)集，從而無需超級計算集群。LasergeneGenomics 自動去除最常見的接頭以及任何用戶指定的污染物序列，并提供對我們專有的轉(zhuǎn)錄本注釋數(shù)據(jù)庫的訪問，該數(shù)據(jù)庫使用來自RefSeq的轉(zhuǎn)錄本注釋，從而促進(jìn)甚至是最新穎的生物體的組裝和注釋。一旦從頭轉(zhuǎn)錄組組裝完成，我們會提供已識別轉(zhuǎn)錄本和新轉(zhuǎn)錄本的FASTA文件，這些文件經(jīng)過完整注釋，可用于下游分析，包括用作RNA測序分析的參考集。

宏基因組組裝

使用LasergeneGenomics 強(qiáng)大的算法將宏基因組序列數(shù)據(jù)與不同的參考數(shù)據(jù)集進(jìn)行比對，或?qū)π滦蛄羞M(jìn)行聚類以進(jìn)行識別。

考慮到所涉及的數(shù)據(jù)量，以及識別變異、計算覆蓋度和去除宿主DNA通常需要的許多耗時步驟，有效組裝和分析宏基因組測序數(shù)據(jù)可能具有挑戰(zhàn)性。LasergeneGenomics 通過提供向?qū)硪龑?dǎo)您從頭到尾完成宏基因組組裝和宿主去除過程，從而簡化了流程。我們的微生物組分析軟件可以輕松地將宏基因組測序數(shù)據(jù)與來自NCBI的數(shù)千個完整注釋細(xì)菌基因組或16srRNA 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對。SeqManNGen 中的強(qiáng)大算法以前所未有的速度執(zhí)行宏基因組組裝，讓您更快地從原始數(shù)據(jù)進(jìn)入分析階段。SeqManNGen 還能夠從頭進(jìn)行新序列的宏基因組組裝，或從HLA、抗體區(qū)域、病毒群體或線粒體群體中從頭組裝高度可變的序列。在宏基因組組裝過程中，系統(tǒng)會自動為您完成變異檢測和覆蓋度計算，因此組裝后，您就可以分析重疊群，并輕松識別微生物組中哪些細(xì)菌菌株最豐富。

RNA-Seq比對和分析

使用LasergeneGenomics 全面了解您的RNA-Seq數(shù)據(jù)。

RNA-seq是目前探索轉(zhuǎn)錄組的領(lǐng)先技術(shù)之一，這對連接基因組信息和其功能性蛋白質(zhì)表達(dá)至關(guān)重要。但事實證明，RNA-Seq數(shù)據(jù)分析對許多研究人員來說是一個挑戰(zhàn)，因為這一技術(shù)的應(yīng)用相當(dāng)廣泛。LasergeneGenomics可以快速、輕松地將任何規(guī)模的RNA-Seq或miRNA數(shù)據(jù)集--從細(xì)菌到人類--與參考基因組進(jìn)行比對，然后對比對后的數(shù)據(jù)提供廣泛的分析，以便你可以深入探索。使用EdgeR或DESeq2進(jìn)行差異基因表達(dá)的統(tǒng)計分析，使用綜合過濾工具輕松識別感興趣的基因，利用基因本體識別具有已知生物功能的基因之間的關(guān)系，使用Sashimi圖輕松可視化和分析mRNA異構(gòu)體，查看測序數(shù)據(jù)中檢測到的變體，等等。當(dāng)我們開始RNA-Seq分析時，我們并不總是知道我們在尋找什么。LasergeneGenomics使探索感興趣的點變得很容易，這樣你就能獲得數(shù)據(jù)集的全貌。

變異分析

用于變異識別和分析的自動化軟件

從DNA測序到遺傳變異解釋的過程可能漫長而復(fù)雜。有了無數(shù)的軟件工具和管道，分析原始序列數(shù)據(jù)的變異可能需要掌握多達(dá)十幾個生物信息學(xué)應(yīng)用程序和在線數(shù)據(jù)庫。流程中的每個額外步驟都會影響結(jié)果的準(zhǔn)確性和完整性。

進(jìn)入LasergeneGenomics，這是一個完全集成的變異分析和注釋管道，具有直觀、易于使用的界面。LasergeneGenomics 及其變異注釋數(shù)據(jù)庫極大地簡化了變異分析，使您無需生物信息學(xué)博士學(xué)位即可獲得準(zhǔn)確的答案。

使用LasergeneGenomics 準(zhǔn)確識別多個數(shù)據(jù)集之間的顯著變異

LasergeneGenomics 是一個自動化管道，可將您的讀數(shù)組裝到模板中，執(zhí)行變體調(diào)用，然后比較多個NGS或長讀數(shù)據(jù)集的變體，所有這些都無需人工干預(yù)。

事實證明，我們的變體檢出工具比我們的商業(yè)和開源競爭對手更準(zhǔn)確，因此您可以放心，您可以信任結(jié)果。

通過強(qiáng)大的過濾工具、豐富的圖形視圖以及對大型變異數(shù)據(jù)庫（包括Mastermind、dbSNP、GERP、dbNSFP和1000Genomes Project）的集成訪問，輕松識別多個實驗之間的顯著變異。LasergeneGenomics 甚至可以讓您輕松比較和分析來自其他NGS軟件流程的多個VCF文件，并使用我們的自定義基因組模板包中的信息對其進(jìn)行注釋，以進(jìn)行豐富的變異分析。

變異分析軟件功能

• 用于裝配、變體調(diào)用和變體注釋的自動化點擊式管道

• 根據(jù)變異引起的每個基因的破壞程度進(jìn)行高級基因過濾

• 使用文本過濾器、表格數(shù)據(jù)或圖形表示（包括維恩圖、散點圖和熱圖）比較變體組

• 能夠在SeqManUltra 中查看特定變體或基因的讀取比對，或在GenVisionPro 中同時查看所有數(shù)據(jù)集的裝配覆蓋率

病毒基因組分析

快速識別新的病毒株。

從原始病毒基因組測序數(shù)據(jù)到最終鑒定新病毒株可能是一個勞動密集型過程。對于快速發(fā)展的病毒，快速分析數(shù)據(jù)的能力至關(guān)重要。我們的病毒基因組測序分析工作流程可用于 Sanger和NGS數(shù)據(jù)，還包括對使用ARTIC網(wǎng)絡(luò)協(xié)議生成的PCR擴(kuò)增片段的全面支持。我們簡化了這個有時很復(fù)雜的過程，以便您可以更快地進(jìn)入分析階段。首先在 SeqManUltra 中組裝病毒基因組測序數(shù)據(jù)，以評估變異并為每個樣本生成共有序列，然后在MegAlignPro 中快速將大組基因組與已知菌株進(jìn)行比對，以輕松識別和比較比對中的變異。

全外顯子組/全基因組測序

讓LasergeneGenomics 承擔(dān)全基因組和全外顯子組測序分析的繁重工作，以便您可以專注于結(jié)果。

全外顯子組測序和全基因組測序產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù)給許多面臨組裝和分析數(shù)據(jù)的研究人員帶來了挑戰(zhàn)。無論您使用的是全基因組、全外顯子組還是其他靶向測序數(shù)據(jù)，所產(chǎn)生的大量信息都需要大量的數(shù)據(jù)處理和分析。LasergeneGenomics 使您能夠以無與倫比的輕松和速度將來自所有主要NGS平臺的重測序數(shù)據(jù)與參考序列進(jìn)行比對。全面的組裝后分析選項可以輕松識別和比較遺傳變異以及結(jié)構(gòu)和非編碼變異。先進(jìn)的基因過濾能夠確定變異對每個基因造成的破壞程度。LasergeneGenomics 的設(shè)計初衷就是處理大量數(shù)據(jù)-讓我們來完成繁重的工作，這樣您就可以專注于結(jié)果。

LasergeneGenomics 應(yīng)用程序

SeqManNGen

基因組序列組裝

SeqManNGen 使您能夠在短短幾分鐘內(nèi)建立復(fù)雜的基因組測序項目，然后以無與倫比的輕松和速度組裝NGS和長讀長測序數(shù)據(jù)。

ArrayStar

基因表達(dá)和變異分析

ArrayStar的先進(jìn)過濾工具和豐富的可視化功能使您能夠輕松評估基因表達(dá)，并識別多個樣本中的顯著變異。

SeqManUltra

序列組裝分析與編輯

SeqManUltra 提供組裝后分析工具，例如評估覆蓋范圍、分析比對背景下的變體以及重疊群編輯。

GenVisionPro

基因組可視化軟件

使用高度可定制的圖像可視化基因組測序結(jié)果，例如覆蓋度和峰值圖，這些圖像可以輕松導(dǎo)出以進(jìn)行協(xié)作或出版。

DNASTARCloud*

基于云的存儲和組件

DNASTARCloud Data Drive 提供NGS數(shù)據(jù)管理。DNASTARCloud Assemblies* 利用我們的云計算資源來對齊和組裝您的NGS數(shù)據(jù)，從而釋放您的本地計算機(jī)來執(zhí)行其他操作。

對比DNASTARLasergene 軟件包

	LasergeneMolecular Biology	LasergeneGenomics	LasergeneProtein	DNASTARLasergene （最受歡迎）
包含的應(yīng)用程序
SeqBuilderPro
SeqManUltra
MegAlignPro
GeneQuest
GenVision
SeqNinja
SeqManNGen
ArrayStar
GenVisionPro
Protean3D （每個Nova應(yīng)用程序+1預(yù)測）
DNASTARNavigator