一種用于制備時間分辨冷凍電鏡網(wǎng)格的儀器設(shè)計

單顆粒低溫電子顯微鏡（cryo-EM）可以重建不同構(gòu)象蛋白質(zhì)的高分辨率結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)的功能通常涉及瞬時功能構(gòu)象，這可以通過時間分辨冷凍電子顯微鏡（TrEM）來解析。在TrEM中，蛋白質(zhì)溶液在電磁柵格上快速玻璃化，經(jīng)過規(guī)定的延遲時間后反應停止。盡管冷凍電鏡界對TrEM的興趣與日俱增，但制作時間分辨率低于100毫秒的TrEM樣品仍具有挑戰(zhàn)性。

近期，來自比利時佛朗德生物技術(shù)研究院的Rouslan G. Efremov團隊報告了一種時間分辨冷凍柱塞的設(shè)計與實現(xiàn)，該柱塞將基于液滴的微流控混合器與激光誘導的微射流發(fā)生器結(jié)合在一起，可快速啟動反應并冷凍電磁柵。對GroEL:GroES合子蛋白復合物進行的TrEM實驗解析了復合物形成的動力學過程，并觀察到了GroEL-ATP復合物的假定的短壽命構(gòu)象。相關(guān)工作以“Time-resolved cryo-EM using a combination of droplet microfluidics with on-demand jetting”為題發(fā)表在國際頂級期刊Nature Methods上。

在微流控芯片中（圖1），兩種水溶液在油相中混合并封裝成體積約為100 pL的微液滴。液滴中的成分通過混沌平流進行混合，在液滴通過纏繞通道時，混沌平流得到加強。該研究發(fā)現(xiàn)，在由三圈組成的蛇形通道中，混合效率超過50%。在液滴合并產(chǎn)生噴霧時，混合在芯片下游完成。為了最大限度地減少噴灑在電磁柵上的油量，使用柱狀液滴合并模塊將水相液滴合并成連續(xù)流，從而將水相和油相分離到不同的通道中。混合水溶液被導入噴嘴，通過激光誘導空化（LIC）產(chǎn)生氣懸液滴。聚焦在噴嘴旁微流控通道上的脈沖激光被溶解在水相中的染料吸收，產(chǎn)生大量壽命為微秒的氣泡。氣泡的膨脹和崩潰導致半月板快速擺動和液體噴射。LIC具有局部驅(qū)動的優(yōu)勢：在保持微流控芯片設(shè)計簡潔性的同時，可通過改變激光功率和頻率對過程進行調(diào)諧。該研究發(fā)現(xiàn)，當使用濃度高于8 mM的莧菜染料時，脈沖Q 開關(guān)Nd:YAG 激光器（WL 532 nm，6 ns）在每個脈沖和每個焦點的激光功率為4 μJ~ 10 μJ時可產(chǎn)生穩(wěn)定的噴霧。生成液滴的速度在3至6 m/s之間。

圖1 時間分辨柱塞的設(shè)計及特性

在EM網(wǎng)格圖譜上觀察到的液滴數(shù)量與預期的噴射微射流數(shù)量一致（圖 2），并且隨著柱塞時間的增加而增加，因為網(wǎng)格在噴嘴前停留的時間更長（圖1e）。該研究對22個驟降網(wǎng)格的分析表明，約65%被噴霧潤濕的網(wǎng)格方格的冰區(qū)對電子部分透明，允許電子束穿透冰層厚度而不被完全衰減，30%被潤濕的方格的區(qū)域可用于低溫電子顯微鏡數(shù)據(jù)采集。該研究觀察到，液滴在等離子體清洗過的碳孔網(wǎng)表面迅速擴散，但許多孔仍然是空的。該研究認為這種效應是由于液滴在孔上擴散時產(chǎn)生了額外的表面能量，而使用支撐膜可以減輕這種效應。在測試了幾種支撐膜后，發(fā)現(xiàn)剛經(jīng)過等離子體清洗的柵格上多了一層2 ~ 3納米厚的碳膜，從而改善了液滴的擴散，并將適合冷凍電鏡數(shù)據(jù)采集的孔的數(shù)量增加了2 ~ 3倍。冰的厚度小于100 nm的區(qū)域出現(xiàn)在柱塞時間在3到200毫秒之間的網(wǎng)格上。每個網(wǎng)格收集了幾百到幾千張高對比圖像。在每個時間點，從兩個EM網(wǎng)格收集低溫電子顯微鏡數(shù)據(jù)，并重建阿樸鐵蛋白和β-半乳糖苷酶的三維（3D）圖，其分辨率在2.1至3.3 ?之間。

圖2 時間分辨低溫柱塞的基準

在分辨率介于2.2和7.1 ?之間的情況下，該研究共進行了15次重建（圖3和 4），其中包括6種物質(zhì)。在其中的三種復合物（GroEL-ATP、GroEL-ATP- GroES和GroEL-ATP-2GroES）中，結(jié)合核苷酸的磷酸化狀態(tài)得到了明確的解析。在其它三種復合物，即GroEL-(ADP)、GroEL-(ATP)/(ADP)和GroEL-ATP/(ADP)-GroES中，GroEL七聚環(huán)的構(gòu)象與ATP和/或ADP結(jié)合的狀態(tài)相對應；然而，由于分辨率有限，結(jié)合核苷酸的磷酸化狀態(tài)不明確。所有時間點的數(shù)據(jù)質(zhì)量都很高，不僅能進行高分辨率重建，還能進行三維分類，并分離出僅含4%顆粒的小群體。有趣的是，由于在50毫秒和200毫秒時，GroEL-ATP復合物所占的顆粒比例高于20秒時，因此從時間分辨數(shù)據(jù)中獲得的重建分辨率（2.7和2.3 ?）高于從連續(xù)周轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)中獲得的分辨率（2.8 ?）。TrEM重建顯示了構(gòu)象格局是如何隨著反應的進行而發(fā)生變化的（圖3）。在短反應時間（13毫秒和50毫秒）內(nèi)，GroEL-ATP 復合物是主要形式，但GroEL-(ADP)和GroEL-(ATP)/(ADP)復合物也被解析出來，這些可能代表在形成GroEL-ATP構(gòu)象過程中的短暫狀態(tài)。盡管這些重構(gòu)的分辨率有待提高，以明確解析結(jié)合核苷酸的磷酸化狀態(tài)，但它們清楚地解析了GroEL七聚環(huán)的類ATP和類ADP構(gòu)象，核苷酸結(jié)合袋含有與結(jié)合核苷酸一致的密度（圖4b）。

圖3 根據(jù)時間分辨和穩(wěn)態(tài)數(shù)據(jù)對GroEL-GroES復合物進行三維重建

在該研究中，與GroEL結(jié)合的核苷酸密度在所有重構(gòu)中都得到了明確的解析。更具體地說，在13毫秒時間點的GroEL-ATP狀態(tài)下，ATP分子的構(gòu)象（包括一個腺嘌呤環(huán)、三個磷酸基團以及配位的Mg2?和K?）得到了很好的解析，而從50毫秒開始，該研究在分辨率介于2.3和2.8 ?之間時獲得的重構(gòu)也解析了ATP結(jié)合口袋中的水分子（圖4a）。這些結(jié)果凸顯了該方法在毫秒級時間尺度上研究小分子與蛋白質(zhì)相互作用的實用性。有了反應時間范圍內(nèi)的構(gòu)象分布，就可以分析GroEL-GroES復合物形成的動力學（圖 4c）。GroEL-GroES和GroEL-2GroES復合物的比例分別從50毫秒時的5%和0%增加到20秒時的約24%和65%。組裝始于GroEL-GroES復合物的形成，隨后加入第二個GroES七聚體。在200毫秒到20秒之間，復合物的比例出現(xiàn)大幅增加，這與FRET實驗估計的GroEL-GroES復合物形成的預期速率一致，即在亞秒級范圍內(nèi)。該研究還通過將GroEL與ATP和GroES混合收集了13毫秒的數(shù)據(jù)，結(jié)果證實在這一較短的反應時間點，GroEL-GroES 復合物的比例較低（約為5%）。

圖4 TrEM GroEL–GroES重建的詳細信息

綜上所述，該研究介紹了一種用于制備時間分辨冷凍電鏡網(wǎng)格的儀器的設(shè)計、實現(xiàn)和驗證。它建立在皮升液滴微流控混合器和LIC按需生成可調(diào)微射流的優(yōu)勢之上。這種方法解決了其他用于時間分辨冷凍電鏡的樣品制備方法的局限性，減少了樣品消耗，提高了制備的冷凍電鏡網(wǎng)格的可重復性，同時保持了較高的時間和空間分辨率。

審核編輯：彭菁