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開(kāi)發(fā)新型算法 可辨識(shí)逾10倍的天然抗生素種類

lumingluming? 2018年02月09日 15:28 ? 次閱讀

美國(guó)加州大學(xué)(University of California;UC)研究團(tuán)隊(duì)發(fā)表論文描述一種新型算法,能較之前所有研究多辨識(shí)出種類逾10倍的天然抗生素。

據(jù)報(bào)導(dǎo),抗藥性已成為全球性的重大問(wèn)題。許多藥物,包括萬(wàn)不得已才使用的萬(wàn)古霉素(vancomycin)和達(dá)托霉素(daptomycin)等抗生素都是肽類天然物(Peptidic Natural Product;PNP)。事實(shí)上,許多抗菌劑和抗癌劑亦為PNP。

然而,無(wú)論在實(shí)驗(yàn)上和運(yùn)算上,發(fā)現(xiàn)新的PNP都是艱難的挑戰(zhàn)。UC研究團(tuán)隊(duì)于《Nature Microbiology》期刊上發(fā)表的論文中描述了一種新算法,能較之前所有研究辨識(shí)出多逾10倍的PNP。

加州大學(xué)圣地牙哥分校(University of California San Diego)計(jì)算機(jī)科學(xué)教授Pavel Pevzner為該論文的通訊作者,該論文共同作者為Pevzner之前的指導(dǎo)學(xué)生,現(xiàn)為卡內(nèi)基美隆大學(xué)(Carnegie Mellon University)的運(yùn)算生物系助理教授Hosein Mohimani。

PNP代表復(fù)雜化合物的最后堿基,而直到最近仍無(wú)法用運(yùn)算研究來(lái)發(fā)現(xiàn)。PNP是細(xì)菌和真菌在求生存的戰(zhàn)斗過(guò)程產(chǎn)生,因此具備成為天然抗生素的龐大潛力。隨著抗菌藥物的耐藥性成為全球關(guān)注焦點(diǎn),藥物迫切需要新的抗生素,而發(fā)現(xiàn)天然抗生素的創(chuàng)新方法越來(lái)越重要。

該團(tuán)隊(duì)在研究中描述一種用于辨識(shí)PNP的新型運(yùn)算方法VarQuest。VarQuest可一次處理大量質(zhì)譜數(shù)據(jù),因此可應(yīng)用于高通量的藥物開(kāi)發(fā)管道,如最近發(fā)表的Global Natural Products Social(GNPS)分子網(wǎng)絡(luò)。GNPS已包含全球收集的10億多個(gè)質(zhì)譜圖,是未來(lái)生物活性化合物的金礦。

與現(xiàn)有競(jìng)爭(zhēng)運(yùn)算法相比,VarQuest不僅能辨識(shí)已知的PNP,且能辨識(shí)其新型變體,而這些變體有時(shí)在臨床上更有效。對(duì)整個(gè)GNPS進(jìn)行的VarQuest分析找出比之前所有方法多逾10倍的PNP變體。

此外,VarQuest揭示了PNP的驚人多樣性,這可能反映了各種細(xì)菌物種對(duì)不斷變化的環(huán)境和競(jìng)爭(zhēng)的進(jìn)化適應(yīng)性,例如,肽抗生素變體庫(kù)的持續(xù)變化以響應(yīng)抗生素抗性。

Mohimani表示,天然物(natural product)領(lǐng)域的研究人員正在收集微生物菌株的大規(guī)模代謝組學(xué)數(shù)據(jù),并改用大數(shù)據(jù)來(lái)發(fā)現(xiàn)天然物。VarQuest則為理解已在該領(lǐng)域收集到的大數(shù)據(jù)的第一步。

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云知聲持續(xù)推動(dòng)“U(云知大腦)+X(應(yīng)用場(chǎng)景)”...

? 近日,北京市工商聯(lián)在京召開(kāi)2023北京民營(yíng)企業(yè)百?gòu)?qiáng)發(fā)布會(huì),現(xiàn)場(chǎng)發(fā)布2023北京民營(yíng)企業(yè)百?gòu)?qiáng)“1+....
發(fā)表于 2023-10-07 15:19? 608次閱讀
云知聲持續(xù)推動(dòng)“U(云知大腦)+X(應(yīng)用場(chǎng)景)”...

pid的各種算法優(yōu)缺點(diǎn)有哪些

主要用于消除余差,該方法特別適用于生產(chǎn)設(shè)備啟動(dòng)階段的控制。 C語(yǔ)言實(shí)現(xiàn):PID位置式上面有,這里只....
發(fā)表于 2023-10-07 11:39? 99次閱讀
pid的各種算法優(yōu)缺點(diǎn)有哪些

北醒CTO疏達(dá):算法和算力的進(jìn)階將促進(jìn)激光雷達(dá)、...

近日,在“2023世界智能網(wǎng)聯(lián)汽車大會(huì)”上,北醒(北京)光子科技有限公司的CTO疏達(dá)博士表示,在“重....
發(fā)表于 2023-10-07 09:43? 310次閱讀
北醒CTO疏達(dá):算法和算力的進(jìn)階將促進(jìn)激光雷達(dá)、...

喜訊|英碼科技榮獲第二屆廣州·琶洲算法大賽算法優(yōu)...

9月26日,以“優(yōu)選AI算法,讓世界更智能”為主題的第二屆廣州·琶洲算法大賽總決賽圓滿結(jié)束。此次大賽....
發(fā)表于 2023-10-07 09:42? 321次閱讀
喜訊|英碼科技榮獲第二屆廣州·琶洲算法大賽算法優(yōu)...

機(jī)器視覺(jué)現(xiàn)在如何推動(dòng)自動(dòng)化的發(fā)展

作者:Jody Muelaner 機(jī)器視覺(jué)是一系列技術(shù)的融合,可使工業(yè)或其他的自動(dòng)化設(shè)備從圖像中獲得....
發(fā)表于 2023-10-03 14:50? 295次閱讀
機(jī)器視覺(jué)現(xiàn)在如何推動(dòng)自動(dòng)化的發(fā)展

DISC-LawLLM:復(fù)旦大學(xué)團(tuán)隊(duì)發(fā)布中文智慧...

DISC-LawLLM是基于我們構(gòu)建的高質(zhì)量數(shù)據(jù)集DISC-Law-SFT在通用領(lǐng)域中文大模型Bai....
發(fā)表于 2023-09-28 17:34? 196次閱讀
DISC-LawLLM:復(fù)旦大學(xué)團(tuán)隊(duì)發(fā)布中文智慧...

防范人工智能給決策帶來(lái)風(fēng)險(xiǎn)

人工智能的機(jī)器學(xué)習(xí)方法可以通過(guò)分析數(shù)據(jù)中的模式和規(guī)律,自動(dòng)訓(xùn)練和模擬模型,更加精準(zhǔn)地預(yù)測(cè)潛在問(wèn)題和風(fēng)....
發(fā)表于 2023-09-27 16:46? 166次閱讀
防范人工智能給決策帶來(lái)風(fēng)險(xiǎn)

機(jī)器視覺(jué)外觀瑕疵檢測(cè)原理詳解

圖像傳感器利用攝像元件 CCD 的每個(gè)像素的濃度(明暗) 數(shù)據(jù),根據(jù)濃度的變化來(lái)檢測(cè)瑕疵或邊緣部???...
發(fā)表于 2023-09-27 10:54? 135次閱讀
機(jī)器視覺(jué)外觀瑕疵檢測(cè)原理詳解

后端太卷?沖測(cè)開(kāi)去了!

持有并等待條件是指,當(dāng)線程 A 已經(jīng)持有了資源 1,又想申請(qǐng)資源 2,而資源 2 已經(jīng)被線程 C 持....
發(fā)表于 2023-09-25 17:00? 61次閱讀
后端太卷?沖測(cè)開(kāi)去了!

三維點(diǎn)云配準(zhǔn)算法原理及推導(dǎo)

粗配準(zhǔn)就是再兩個(gè)點(diǎn)云還差得十萬(wàn)八千里、完全不清楚兩個(gè)點(diǎn)云的相對(duì)位置關(guān)系的情況下,找到一個(gè)這兩個(gè)點(diǎn)云近....
發(fā)表于 2023-09-25 11:31? 132次閱讀
三維點(diǎn)云配準(zhǔn)算法原理及推導(dǎo)

已結(jié)束——【蓋樓答題搶好禮】歡迎其利天下入駐電子發(fā)燒友社區(qū)!

獲獎(jiǎng)名單如下: 蓋樓搶福利 活動(dòng)帖總樓層數(shù)511 3%=15樓  h1654155283.0188 8%=40樓  立冬的夏 1...
發(fā)表于 2023-08-01 11:14? 11012次閱讀
已結(jié)束——【蓋樓答題搶好禮】歡迎其利天下入駐電子發(fā)燒友社區(qū)!

SPFA 算法:實(shí)現(xiàn)原理及其應(yīng)用

@[toc] 一、前言 SPFA算法,全稱為Shortest Path Faster Algorithm,是求解單源最短路徑問(wèn)題的一種常用算法,...
發(fā)表于 2023-04-29 12:43? 530次閱讀
SPFA 算法:實(shí)現(xiàn)原理及其應(yīng)用

DSP方案菁音電子AMP1821芯片可燒錄適用USB聲卡降噪麥克風(fēng)

AMP1821 是一款擁有 CPU 和 DSP 雙核的智能音頻/語(yǔ)音處理芯片。芯片內(nèi) 置有 32 位 ARM C...
發(fā)表于 2023-03-27 14:07? 4882次閱讀
DSP方案菁音電子AMP1821芯片可燒錄適用USB聲卡降噪麥克風(fēng)

演示一個(gè)特殊電路盡力尋找電路滿足問(wèn)題的解答

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發(fā)表于 2022-11-28 10:29? 578次閱讀
演示一個(gè)特殊電路盡力尋找電路滿足問(wèn)題的解答

KeenTune的算法之心——KeenOpt 調(diào)優(yōu)算法框架 | 龍蜥技術(shù)

文/KeenTune SIG KeenTune(輕豚)是一款 AI 算法與專家知識(shí)庫(kù)雙輪驅(qū)動(dòng)的操作系統(tǒng)全棧式智能優(yōu)化產(chǎn)品,為...
發(fā)表于 2022-10-28 10:36? 15942次閱讀
KeenTune的算法之心——KeenOpt 調(diào)優(yōu)算法框架 | 龍蜥技術(shù)

OpenHarmony——內(nèi)核IPC機(jī)制數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)解析

一、前言 OpenAtom OpenHarmony(以下簡(jiǎn)稱“OpenHarmony”)是由開(kāi)放原子開(kāi)源基金會(huì)(OpenAtom Foundation)...
發(fā)表于 2022-09-08 11:44? 962次閱讀
OpenHarmony——內(nèi)核IPC機(jī)制數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)解析

AI算法中比較常用的模型都有什么?

AI算法中比較常用的模型都有什么
發(fā)表于 2022-08-27 09:19? 2982次閱讀
AI算法中比較常用的模型都有什么?

用ocr識(shí)別文字表格后,格式內(nèi)容很亂,有沒(méi)有什么算法可恢復(fù)成原有的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)?

用ocr識(shí)別文字表格后,格式內(nèi)容很亂,有沒(méi)有什么算法可恢復(fù)成原有的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) ...
發(fā)表于 2022-08-26 09:47? 2935次閱讀
用ocr識(shí)別文字表格后,格式內(nèi)容很亂,有沒(méi)有什么算法可恢復(fù)成原有的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)?

機(jī)器學(xué)習(xí)簡(jiǎn)介與經(jīng)典機(jī)器學(xué)習(xí)算法人才培養(yǎng)

上課時(shí)間安排: 2022年05月27日 — 2022年05月30日 No.1 第一天 一、機(jī)器學(xué)習(xí)簡(jiǎn)介與經(jīng)典機(jī)器學(xué)習(xí)算法介紹 什么...
發(fā)表于 2022-04-28 18:56? 15621次閱讀
機(jī)器學(xué)習(xí)簡(jiǎn)介與經(jīng)典機(jī)器學(xué)習(xí)算法人才培養(yǎng)

程序語(yǔ)言的奧妙 算法最好的入門(mén)書(shū)

一本很不錯(cuò)的編程基礎(chǔ)書(shū)籍,算法最好的入門(mén)書(shū),有需要的可以下載 ...
發(fā)表于 2022-04-24 10:24? 7742次閱讀
程序語(yǔ)言的奧妙 算法最好的入門(mén)書(shū)