QM/MM幾何構(gòu)型優(yōu)化計(jì)算的python腳本

QM/MM結(jié)構(gòu)優(yōu)化

QM/MM幾何構(gòu)型優(yōu)化計(jì)算的python腳本如下：

import glob, math, os.path

from pBabel import AmberCrdFile_ToCoordinates3,

AmberTopologyFile_ToSystem ,

SystemGeometryTrajectory ,

AmberCrdFile_FromSystem ,

PDBFile_FromSystem ,

XYZFile_FromSystem

from pCore import Clone, logFile, Selection

from pMolecule import NBModelORCA, QCModelBDF, System

from pMoleculeScripts import ConjugateGradientMinimize_SystemGeometry,

FIREMinimize_SystemGeometry ,

LBFGSMinimize_SystemGeometry ,

SteepestDescentMinimize_SystemGeometry

# 定義結(jié)構(gòu)優(yōu)化接口

def opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection):

molecule.DefineFixedAtoms(selection) #固定原子

#定義優(yōu)化方法

ConjugateGradientMinimize_SystemGeometry(

molecule,

maximumIterations = 40, # 最大優(yōu)化步數(shù)

rmsGradientTolerance = 0.1, #優(yōu)化收斂控制

trajectories = [(trajectory, 1)]

) # 定義軌跡保存頻率

# 定義能量計(jì)算模式

nbModel = NBModelORCA()

qcModel = QCModelBDF("GB3LYP:6-31g")

# 讀取體系坐標(biāo)和拓?fù)?a target="_blank">信息

molecule = AmberTopologyFile_ToSystem ("GallicAcid.prmtop")

molecule.coordinates3 = AmberCrdFile_ToCoordinates3("GallicAcid.crd")

# 關(guān)閉體系對(duì)稱性

molecule.DefineSymmetry(crystalClass = None) #QM/MM方法不支持使用周期性邊界條件

#. Define Atoms List

natoms = len(molecule.atoms) # 系統(tǒng)中總原子數(shù)

qm_list = range(72, 90) # QM 區(qū)原子

activate_list = range(126, 144) + range (144, 162) # MM區(qū)活性原子（優(yōu)化中可以移動(dòng)）

#定義MM區(qū)原子

mm_list = range (natoms)

for i in qm_list:

mm_list.remove(i) # MM 刪除QM原子

mm_inactivate_list = mm_list[:]

for i in activate_list :

mm_inactivate_list.remove(i)

# 輸入QM原子

qmmmtest_qc = Selection.FromIterable(qm_list)

# 定義各選擇區(qū)

selection_qm_mm_inactivate = Selection.FromIterable(qm_list + mm_inactivate_list)

selection_mm = Selection.FromIterable(mm_list)

selection_mm_inactivate = Selection.FromIterable(mm_inactivate_list)

# . Define the energy model.

molecule.DefineQCModel(qcModel, qcSelection = qmmmtest_qc)

molecule.DefineNBModel(nbModel)

molecule.Summary()

#計(jì)算優(yōu)化開始時(shí)總能量

eStart = molecule.Energy()

#定義輸出文件目錄名

outlabel = 'opt_watbox_bdf'

if os.path.exists(outlabel):

pass

else:

os.mkdir (outlabel)

outlabel = outlabel + '/' + outlabel

# 定義輸出軌跡

trajectory = SystemGeometryTrajectory (outlabel + ".trj" , molecule, mode = "w")

# 開始第一階段優(yōu)化

# 定義優(yōu)化兩步

iterations = 2

# 順次固定QM區(qū)和MM區(qū)進(jìn)行優(yōu)化

for i in range(iterations):

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_qm_mm_inactivate) #固定QM區(qū)優(yōu)化

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_mm) #固定MM區(qū)優(yōu)化

# 開始第二階段優(yōu)化

# QM區(qū)和MM區(qū)同時(shí)優(yōu)化

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_mm_inactivate)

#輸出優(yōu)化后總能量

eStop = molecule.Energy()

#保存優(yōu)化坐標(biāo)，可以為xyz/crd/pdb等。

XYZFile_FromSystem(outlabel + ".xyz", molecule)

AmberCrdFile_FromSystem(outlabel + ".crd" , molecule)

PDBFile_FromSystem(outlabel + ".pdb" , molecule)

輸出體系收斂信息如下（此處僅展示前20步優(yōu)化收斂結(jié)果）：

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Iteration Function RMS Gradient Max. |Grad.| RMS Disp. Max. |Disp.|

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

0 I -1696839.69778731 2.46510318 9.94250232 0.00785674 0.03168860

2 L1s -1696839.82030342 1.38615730 5.83254788 0.00043873 0.00126431

4 L1s -1696839.90971371 1.41241184 5.29242524 0.00067556 0.00172485

6 L0s -1696840.01109863 1.41344485 4.70119338 0.00090773 0.00265969

8 L1s -1696840.09635696 1.44964059 5.72496661 0.00108731 0.00328490

10 L1s -1696840.17289698 1.28607709 4.73666387 0.00108469 0.00354577

12 L1s -1696840.23841524 1.03217304 3.00441004 0.00081945 0.00267931

14 L1s -1696840.30741088 1.40349698 5.22220965 0.00162080 0.00519590

16 L1s -1696840.43546466 1.32604042 4.51175225 0.00158796 0.00455431

18 L0s -1696840.52547251 1.27123125 4.20616166 0.00158796 0.00428040

20 L0s -1696840.60265453 1.08553355 3.12355616 0.00158796 0.00470223

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------

輸出體系總能量信息如下：

注：QM/MM幾何構(gòu)型優(yōu)化一般不容易收斂，在實(shí)際操作中需要的技巧較多。常見的有，固定MM區(qū)，優(yōu)化QM區(qū)；然后固定QM區(qū)優(yōu)化MM區(qū)。如此往復(fù)循環(huán)幾次后，再同時(shí)優(yōu)化QM區(qū)和MM區(qū)。優(yōu)化是否收斂，和QM區(qū)的選擇及QM/MM邊界是否有帶電較多的原子等關(guān)系很大。為了加速優(yōu)化，可以在計(jì)算時(shí)固定MM區(qū)，僅選擇離QM區(qū)較近的合適區(qū)域，作為活性區(qū)域，在優(yōu)化中坐標(biāo)可以變化。

QM/MM激發(fā)態(tài)計(jì)算

基于上一步的QM/MM幾何構(gòu)型優(yōu)化，繼而即可將MM區(qū)活性原子添加到QM區(qū)進(jìn)行QM/MM-TDDFT計(jì)算，完整的代碼如下:

import glob, math, os.path

from pBabel import AmberCrdFile_ToCoordinates3,

AmberTopologyFile_ToSystem ,

SystemGeometryTrajectory ,

AmberCrdFile_FromSystem ,

PDBFile_FromSystem ,

XYZFile_FromSystem

from pCore import Clone, logFile, Selection

from pMolecule import NBModelORCA, QCModelBDF, System

from pMoleculeScripts import ConjugateGradientMinimize_SystemGeometry,

FIREMinimize_SystemGeometry ,

LBFGSMinimize_SystemGeometry ,

SteepestDescentMinimize_SystemGeometry

# 定義結(jié)構(gòu)優(yōu)化接口

def opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection):

molecule.DefineFixedAtoms(selection) #固定原子

#定義優(yōu)化方法

ConjugateGradientMinimize_SystemGeometry(

molecule,

maximumIterations = 40, # 最大優(yōu)化步數(shù)

rmsGradientTolerance = 0.1, #優(yōu)化收斂控制

trajectories = [(trajectory, 1)]

) # 定義軌跡保存頻率

# 定義能量計(jì)算模式

nbModel = NBModelORCA()

qcModel = QCModelBDF("GB3LYP:6-31g")

# 讀取體系坐標(biāo)和拓?fù)湫畔?/p>

molecule = AmberTopologyFile_ToSystem ("GallicAcid.prmtop")

molecule.coordinates3 = AmberCrdFile_ToCoordinates3("GallicAcid.crd")

# 關(guān)閉體系對(duì)稱性

molecule.DefineSymmetry(crystalClass = None) #QM/MM方法不支持使用周期性邊界條件

#. Define Atoms List

natoms = len(molecule.atoms) # 系統(tǒng)中總原子數(shù)

qm_list = range(72, 90) # QM 區(qū)原子

activate_list = range(126, 144) + range (144, 162) # MM區(qū)活性原子（優(yōu)化中可以移動(dòng)）

#定義MM區(qū)原子

mm_list = range (natoms)

for i in qm_list:

mm_list.remove(i) # MM 刪除QM原子

mm_inactivate_list = mm_list[:]

for i in activate_list :

mm_inactivate_list.remove(i)

# 輸入QM原子

qmmmtest_qc = Selection.FromIterable(qm_list)

# 定義各選擇區(qū)

selection_qm_mm_inactivate = Selection.FromIterable(qm_list + mm_inactivate_list)

selection_mm = Selection.FromIterable(mm_list)

selection_mm_inactivate = Selection.FromIterable(mm_inactivate_list)

# . Define the energy model.

molecule.DefineQCModel(qcModel, qcSelection = qmmmtest_qc)

molecule.DefineNBModel(nbModel)

molecule.Summary()

#計(jì)算優(yōu)化開始時(shí)總能量

eStart = molecule.Energy()

#定義輸出文件目錄名

outlabel = 'opt_watbox_bdf'

if os.path.exists(outlabel):

pass

else:

os.mkdir (outlabel)

outlabel = outlabel + '/' + outlabel

# 定義輸出軌跡

trajectory = SystemGeometryTrajectory (outlabel + ".trj" , molecule, mode = "w")

# 開始第一階段優(yōu)化

# 定義優(yōu)化兩步

iterations = 2

# 順次固定QM區(qū)和MM區(qū)進(jìn)行優(yōu)化

for i in range(iterations):

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_qm_mm_inactivate) #固定QM區(qū)優(yōu)化

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_mm) #固定MM區(qū)優(yōu)化

# 開始第二階段優(yōu)化

# QM區(qū)和MM區(qū)同時(shí)優(yōu)化

opt_ConjugateGradientMinimize(molecule, selection_mm_inactivate)

#輸出優(yōu)化后總能量

eStop = molecule.Energy()

#保存優(yōu)化坐標(biāo)，可以為xyz/crd/pdb等。

XYZFile_FromSystem(outlabel + ".xyz", molecule)

AmberCrdFile_FromSystem(outlabel + ".crd" , molecule)

PDBFile_FromSystem(outlabel + ".pdb" , molecule)

# TDDFT計(jì)算

qcModel = QCModelBDF_template ( )

qcModel.UseTemplate (template = 'head_bdf_nosymm.inp' )

tdtest = Selection.FromIterable ( qm_list + activate_list )

# . Define the energy model.

molecule.DefineQCModel ( qcModel, qcSelection = tdtest )

molecule.DefineNBModel ( nbModel )

molecule.Summary ( )

# . Calculate

energy = molecule.Energy ( )

輸出體系總能量信息如下：

同時(shí)生成.log結(jié)果文件，和普通的激發(fā)態(tài)計(jì)算一樣，可以看到振子強(qiáng)度，激發(fā)能，激發(fā)態(tài)的總能量等信息

No. 1 w= 4.7116 eV -1937.8276358207 a.u. f= 0.0217 D= 0.0000 Ova= 0.6704

CV(0): A( 129 )-> A( 135 ) c_i: 0.7254 Per: 52.6% IPA: 7.721 eV Oai: 0.6606

CV(0): A( 129 )-> A( 138 ) c_i: 0.2292 Per: 5.3% IPA: 9.104 eV Oai: 0.8139

CV(0): A( 132 )-> A( 135 ) c_i: 0.4722 Per: 22.3% IPA: 7.562 eV Oai: 0.6924

CV(0): A( 132 )-> A( 138 ) c_i: -0.4062 Per: 16.5% IPA: 8.946 eV Oai: 0.6542

隨后還打印了躍遷偶極矩

*** Ground to excited state Transition electric dipole moments (Au) ***

State X Y Z Osc.

1 0.0959 0.1531 0.3937 0.0217 0.0217

2 0.0632 -0.1286 0.3984 0.0207 0.0207

3 -0.0797 -0.2409 0.4272 0.0287 0.0287

4 0.0384 -0.0172 -0.0189 0.0003 0.0003

5 1.1981 0.8618 -0.1305 0.2751 0.2751

吸收光譜分析

對(duì)于激發(fā)態(tài)我們往往需要得到理論預(yù)測(cè)的吸收譜峰形，也就是將每個(gè)激發(fā)態(tài)的吸收按一定的半峰寬進(jìn)行高斯展寬。在TDDFT計(jì)算正常結(jié)束后，我們需要進(jìn)入終端用命令調(diào)用BDF安裝路徑下的plotspec.py腳本執(zhí)行計(jì)算。若用戶使用鴻之微云算力資源，進(jìn)入命令端方式請(qǐng)查閱鴻之微云指南，此文不做贅述。

進(jìn)入終端后，在目錄下運(yùn)行$BDFHOME/sbin/plotspec.py bdf.out，會(huì)產(chǎn)生兩個(gè)文件，分別為bdf.stick.csv和bdf.spec.csv，前者包含所有激發(fā)態(tài)的吸收波長(zhǎng)和摩爾消光系數(shù)，可以用來作棒狀圖，后者包含高斯展寬后的吸收譜（默認(rèn)的展寬FWHM為0.5 eV），分別對(duì)比真空環(huán)境以及溶劑化效應(yīng)下高斯展寬后的吸收譜情況，并用Excel、Origin等作圖軟件作圖如下：

上圖也可說明由于QM/MM計(jì)算考慮溶劑化效應(yīng)，存在周圍其他分子的相互作用，從而使得吸收光譜發(fā)生紅移現(xiàn)象。