斯坦福大學研究人員建立了一個名為Tabula Muris的開源數(shù)據(jù)庫

據(jù)悉，斯坦福大學等研究機構的研究人員建立了一個名為Tabula Muris的開源數(shù)據(jù)庫，收錄了小鼠的多個細胞類型及其基因表達數(shù)據(jù)。這項成果于上周發(fā)表在《Nature》雜志上。

研究者利用熒光活化細胞分選（FACS）方法和微流體液滴捕獲方法，從小鼠20個不同器官中分離出超過10萬個細胞，并開展單細胞RNA測序。這些數(shù)據(jù)讓人們能夠比較各個細胞類型和組織間的基因表達，從而更深入地了解細胞多樣性。

團隊成員以三只雌性小鼠和四只雄性小鼠為研究對象，利用FACS方法分離出44,949個細胞，并利用微流體方法分離出55,656個細胞。為了確定細胞類型，研究人員獨立分析每個器官，并使用聚類分析。

研究人員挑選出各個器官（包括腦、心臟、胰腺和胸腺等）的細胞，然后開展單細胞RNA測序，以獲取每個細胞的轉錄組。研究人員指出，F(xiàn)ACS方法和微流體方法在大量基因表達譜上基本一致。

之后，研究人員又利用t-SNE算法來觀察各種器官的不同細胞類型之間的關系。他們發(fā)現(xiàn)，不同器官的細胞常?；煸谝黄稹Ｋ麄冞€對每個組進行異質性評分，以評估它們是否由相關或不相關的細胞類型組成。

研究人員進一步發(fā)現(xiàn)，轉錄因子表達可以大致定義細胞類型。在用1,016個轉錄因子的平均表達來分類細胞時，他們發(fā)現(xiàn)此時產生的樹狀圖與利用所有基因產生的樹狀圖大體相似。當他們用細胞表面標志物或RNA剪接因子來重復此分析時，發(fā)現(xiàn)情況并非如此，表明轉錄因子能夠更好地確定細胞類型。

研究人員認為，這種細胞圖譜有助于細胞重編程。此外，小鼠的轉錄組圖譜也有助于發(fā)現(xiàn)新的細胞類型，揭開不同細胞類型的基因表達，并比較各個器官的細胞。